728x90 반응형 Python/의료영상처리6 [Python] Dicom 의료영상 tag 읽기 본 포스팅에서는 의료영상 규격인 Dicom의 tag를 python을 통해 읽어보도록 하겠다. Dicom Tag DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine) 태그는 DICOM 이미지 파일에 내장된 메타데이터이다. 이러한 태그에는 환자 이름, 나이, 성별, 촬영장비 및 영상 크기 등에 대한 정보가 포함되어 있다. Dicom Tag 읽기 Python에서 의료영상을 읽는데 자주 사용되는 라이브러리인 pydicom을 사용하자. 터미널 창에 "pip install pydicom"을 입력하여 라이브러리를 설치하고 진행하자. import pydicom dcm_pydicom = pydicom.read_file('./abnormal_images/0001/1-001.dcm.. 2023. 1. 31. [Python] nrrd 파일 읽고 시각화 하기 본 포스팅에서는 nrrd 파일을 읽고 시각화해보고자 한다. nrrd 파일 읽기 nrrd 파일을 다루기 위해서는 nrrd 라이브러리를 설치하여 사용하면 된다. pip install pynrrd nrrd를 설치한 이후로는 "nrrd.read"를 통해 파일을 읽으면 된다. import numpy as np import SimpleITK as sitk import nrrd dcm_path = './data/dcm/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.109002525524522225658609808059' label_path = './label/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.109002525524522225658609808059_LobeSegmentation.. 2023. 1. 29. [Python] mhd 파일 읽고 시각화 하기 본 포스팅에서는 .mhd 확장자의 파일을 읽고 시각화를 해보고자 한다. .mhd 파일이란? mhd 확장자는 의료 영상 데이터의 배포에 많이 사용되는 매우 간단한 포맷이다. mhd 파일은 ASCII 헤더일 뿐이며 기본적인 이미지 속성(예: 치수, 간격, 원점)을 정의한 다음 raw 확장자를 가진 원시 이진 파일을 실제 이미지 데이터와 함께 읽는 데 사용된다. 따라서 mhd 파일과 raw 파일은 하나의 세트라고 보면 된다. mhd 파일 읽기 mhd 확장자를 가진 흉부 CT 영상을 읽어보겠다. "SimpleITK.ReadImage"를 통해 읽으면 되며 dcm img 형태를 dcm array 형태로 변환하면 된다. 변환은 "SimpleITK.GetArrayFromImage"를 활용하면 된다. import num.. 2023. 1. 29. [Python] nifti 파일 읽고 시각화하기 본 포스팅에서는 nii.gz 확장자인 nifti 파일을 읽고 시각화를 해보고자 한다. NIFTI 파일 Nifti 파일은 Neuroimaging InFormation Technology Initiative의 줄임말로 보통 MRI 뇌 이미지 데이터를 저장하기 위해 사용되는 오픈 파일 포맷이다. 보통 MRI 혹은 CT와 같이 3D 영상의 의료영상 binary 라벨 형식으로 사용된다. NIFTI 파일 읽기 nii.gz 파일은 크게 두 가지 방법으로 배열로 변환이 가능한데, 첫 번째로 SimpleITK.ReadImage 함수를 활용하거나 nibabel.load 함수를 활용해서 읽는 방법이 있다. 두 가지를 모두 예시를 통해 확인해 보겠다. 예시로 사용된 데이터는 흉부 CT 오픈데이터셋을 활용했다. Nifti 파일.. 2023. 1. 26. 이전 1 2 다음 728x90 반응형
