728x90 반응형 전체 글98 [Python] Dicom 의료영상 tag 읽기 본 포스팅에서는 의료영상 규격인 Dicom의 tag를 python을 통해 읽어보도록 하겠다. Dicom Tag DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine) 태그는 DICOM 이미지 파일에 내장된 메타데이터이다. 이러한 태그에는 환자 이름, 나이, 성별, 촬영장비 및 영상 크기 등에 대한 정보가 포함되어 있다. Dicom Tag 읽기 Python에서 의료영상을 읽는데 자주 사용되는 라이브러리인 pydicom을 사용하자. 터미널 창에 "pip install pydicom"을 입력하여 라이브러리를 설치하고 진행하자. import pydicom dcm_pydicom = pydicom.read_file('./abnormal_images/0001/1-001.dcm.. 2023. 1. 31. [Python_Error] UnboundLocalError: local variable 'xxx' referenced before assignm 본 포스팅은 업무 중 발생했던 오류들을 예시를 통해 어떻게 해결을 하는지 작성했다. UnboundLocalError: local variable 'img' referenced before assignment 위 오류는 'img'라는 변수가 선언이 안되었다는 얘기로 해당 변수가 누락이 되었을 때 발생하는 오류이다. 다만 일반적인 오류랑은 다른 것이 def로 함수 선언 시 그 내부에 있는 변수가 누락되었을 때 저 오류가 발생한다는 것이다. mask = [0,0,1,0,1] if 1 in mask: pass else: img = mask print(img) """ NameError Traceback (most recent call last) /WORKSPACE/test.ipynb Cell 33 in () 5 .. 2023. 1. 30. [Python_Error] ValueError: can only convert an array of size 1 to a Python scalar 본 포스팅은 업무 중 발생했던 오류들을 예시를 통해 어떻게 해결을 하는지 작성했다. ValueError: can only convert an array of size 1 to a Python scalar 위 에러는 numpy 내에 하나의 스칼라 값이 아니라 여러 개의 값을 갖고 있을 때 안에 인자를 가져오려고 .item()을 사용하다가 발생한 오류이다. numpy.ndarray.item 넘파이 배열 내에 요소들을 반환하는 함수이다. 위 설명에 적혀있듯이 스칼라 값을 복사하여 반환한다고 적혀있다. 따라서 배열 형태의 넘파이 뒤에는 item()이 들어올 수 없다. 다음과 같이 안에 있는 요소들을 뽑아서 분석 혹은 처리를 해주고 싶을 때는, 다음과 같이 리스트안에서 하나씩 불러다가 처리하는 것이 마음 편하다. 2023. 1. 30. [Python] nrrd 파일 읽고 시각화 하기 본 포스팅에서는 nrrd 파일을 읽고 시각화해보고자 한다. nrrd 파일 읽기 nrrd 파일을 다루기 위해서는 nrrd 라이브러리를 설치하여 사용하면 된다. pip install pynrrd nrrd를 설치한 이후로는 "nrrd.read"를 통해 파일을 읽으면 된다. import numpy as np import SimpleITK as sitk import nrrd dcm_path = './data/dcm/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.109002525524522225658609808059' label_path = './label/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6279.6001.109002525524522225658609808059_LobeSegmentation.. 2023. 1. 29. [Python] mhd 파일 읽고 시각화 하기 본 포스팅에서는 .mhd 확장자의 파일을 읽고 시각화를 해보고자 한다. .mhd 파일이란? mhd 확장자는 의료 영상 데이터의 배포에 많이 사용되는 매우 간단한 포맷이다. mhd 파일은 ASCII 헤더일 뿐이며 기본적인 이미지 속성(예: 치수, 간격, 원점)을 정의한 다음 raw 확장자를 가진 원시 이진 파일을 실제 이미지 데이터와 함께 읽는 데 사용된다. 따라서 mhd 파일과 raw 파일은 하나의 세트라고 보면 된다. mhd 파일 읽기 mhd 확장자를 가진 흉부 CT 영상을 읽어보겠다. "SimpleITK.ReadImage"를 통해 읽으면 되며 dcm img 형태를 dcm array 형태로 변환하면 된다. 변환은 "SimpleITK.GetArrayFromImage"를 활용하면 된다. import num.. 2023. 1. 29. [Linux] tmux 활용하기 본 포스팅은 tmux에 대해 다루고자 한다. tmux tmux는 유닉스 계열 운영 체제를 위한 터미널 멀티플렉서이다. 단일 콘솔에서 여러 터미널 세션에 액세스 하고 제어할 수 있으며 창 분할, 세션 관리, 세션 분리 및 재연결 기능 등의 다양한 기능을 제공한다. 따라서 터미널에서 코드를 실행시키다가 컴퓨터가 다운되면 돌아가던 코드가 날아가는 방면 tmux에서 돌리는 코드는 서버가 다운되지만 않다면 컴퓨터가 다운되더라도 코드가 문제없이 작동된다. 시간이 없는 분들은 tmux 명령어 정리한 것만 보셔도 된다. [터미널 내 명령어] 세션 목록 확인 tmux ls 세션 연결 tmux attach -t 세션명 세션 삭제 tmux kill-session -t 세션명 [tmux 세션 내 명령어] 세션창 세로분할 ct.. 2023. 1. 27. 이전 1 ··· 3 4 5 6 7 8 9 ··· 17 다음 728x90 반응형
