728x90 반응형 분류 전체보기98 [Python] nifti 파일 읽고 시각화하기 본 포스팅에서는 nii.gz 확장자인 nifti 파일을 읽고 시각화를 해보고자 한다. NIFTI 파일 Nifti 파일은 Neuroimaging InFormation Technology Initiative의 줄임말로 보통 MRI 뇌 이미지 데이터를 저장하기 위해 사용되는 오픈 파일 포맷이다. 보통 MRI 혹은 CT와 같이 3D 영상의 의료영상 binary 라벨 형식으로 사용된다. NIFTI 파일 읽기 nii.gz 파일은 크게 두 가지 방법으로 배열로 변환이 가능한데, 첫 번째로 SimpleITK.ReadImage 함수를 활용하거나 nibabel.load 함수를 활용해서 읽는 방법이 있다. 두 가지를 모두 예시를 통해 확인해 보겠다. 예시로 사용된 데이터는 흉부 CT 오픈데이터셋을 활용했다. Nifti 파일.. 2023. 1. 26. [Python_Error] ValueError: zero-size array to reduction operation maximum which has no identity 본 포스팅에서는 업무 중 발생했던 오류들을 예시를 통해 어떻게 해결을 하는지 작성하고자 한다. ValueError: zero-size array to reduction operation maximum which has no identity 해당 오류는 비어있는 array를 np.max 혹은 np.min을 사용하여 발생했던 오류이다. [예시] 오류가 발생한 코드와 유사하게 예시를 만들어보았다. import numpy as np mask = np.array([[1,2],[3,4]]) zz = np.where(mask == 5)[0] print((zz.max() + zz.min()) / 2.) """ ValueError Traceback (most recent call last) /aidata/lung/WOR.. 2023. 1. 25. [Git] Git conventional commit 규칙 본 포스팅을 통해 커밋 진행시 관용적으로 사용되는 규칙에 대해 소개하고자 한다. 커밋 [커밋 메시지 구조] "type : subject" "body" "footer" [유형 - type] 1. fix : 코드의 버그를 패치 2. feat : 코드베이스에 새로운 기능 추가 3. style : 코드 스타일링과 관련된 기능 및 업데이트 4. refactor : 코드 리펙토링 5. test : 코드 테스트 6. docs : 문서 수정 7. chore : 정기적인 코드 유지 관리 [주의사항 - subject, body, footer] 1. subject, body, footer 사이에 빈 줄 (enter)를 기입 2. 공백 오류 주의 3. 불필요한 문장 부호 제거 4. 마침표로 subject 줄을 끝내지 않도록 .. 2023. 1. 22. [Python] vscode debug 사용법 (+argparse 선언) 본 포스팅은 VS code 내에서 debugging 하는 법과 특정 코드를 argparse 선언하여 실행하는 법에 대해 얘기하겠다. VS code debugging 세팅 VS code는 특정 break point를 잡아서 코드를 원하는 줄까지 실행시켜 문제가 발생하는지 확인할 수 있다. 만약 지정한 줄까지 실행되지 않고 중간에 문제가 발생한다면 문제가 발생된 줄까지 실행이 되고 그렇지 않다면 break point에서 코드가 중단될 것이다. 이때 원하는 변수들을 가지고 다양한 분석을 할 수 있다면 코드 이해 및 디버깅을 빠르게 할 수 있을 것이다. 이를 위한 세팅 및 방법에 대해 순서대로 얘기해 보겠다. 우선 위 그림과 같이 벌레 모양의 아이콘을 클릭하고 "create a lunch.json file"을 .. 2023. 1. 21. 이전 1 ··· 7 8 9 10 11 12 13 ··· 25 다음 728x90 반응형
